國家稅務總局 國稅函[2006]249號 2006年3月8日頒布 廣西天華編輯
各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局：
《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理的通知》(國稅發〔2003〕121號)和《國家稅務總局關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》(國稅發〔2004〕88號)下發后，各地稅務機關反映，代征貨物運輸業新辦企業的企業所得稅由國稅局負責征收管理，地稅局負責代開貨物運輸發票，企業按照法律法規規定應退的企業所得稅，是由國稅局辦理退稅，還是由地稅局辦理退稅政策規定不明確。經研究，現通知如下：
一、由國家稅務局負責征收管理企業所得稅，但由地方稅務局負責代開貨物運輸發票并統一代征稅款的貨物運輸業代開票納稅人，其按照法律法規規定應退的企業所得稅，退稅事項由主管國家稅務局辦理，可直接抵繳該納稅人次年應納企業所得稅，也可在匯算清繳后辦理退稅，退稅額不超過納稅年度主管國家稅務局對其已征的企業所得稅稅額；超出部分，由代開貨物運輸發票的地方稅務局辦理退稅事項。
二、上述納稅人的退稅事項在每年匯算清繳時予以結算辦理。
三、根據《國家稅務總局關于印發〈核定征收企業所得稅暫行辦法〉的通知》(國稅發〔2000〕38號)有關規定，對實行核定征收企業所得稅的納稅人，因代開貨物運輸發票而繳納的稅款，主管稅務機關不予退稅。
四、主管地方稅務局將代征稅款征收入庫時，應統一使用地稅系統征收票據，并由主管地方稅務局負責有關收入對賬、核算和匯總上報工作。
五、各地國家稅務局和地方稅務局要認真落實和加強信息交換制度。主管地方稅務局應將代征的企業所得稅入庫信息，及時傳送給主管國家稅務局；應退企業所得稅超出主管國家稅務局已征部分由地方稅務局辦理退稅事項的，主管國家稅務局應當填制《退稅(抵稅)確認書》，并將應退信息及時傳送給主管地方稅務局。
六、具體操作辦法由各省級國家稅務局和地方稅務局共同制定。
七、以前年度尚未處理的此類退稅事項，按本通知規定執行。
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